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Équipe Gaël CRISTOFARI

Présentation


Equipe de Recherche Fondamentale  « Rétrotransposons et plasticité du génome »


Dr Gaël CRISTOFARI, CR1 INSERM, HDR, Chef d'Equipe



Présentation


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L'une des plus grandes surprises de la génomique a été de révéler l'abondance des éléments transposables dans le génome humain.

Plus de 40% de notre ADN est constitué d'éléments génétiques mobiles, aussi appelés "gènes sauteurs" (cf. Fig. 1).

Les rétrotransposons L1 et les séquences Alu sont les principales familles actives chez l'Homme.

Ce sont des séquences d'ADN hautement répétées et dispersées qui prolifèrent par un mécanisme de copier-coller, appelé rétrotransposition, qui passe par un intermédiaire ARN et une étape de réverse transcription (cf. Fig. 2).

Ce processus peut conduire à de profonds réarrangements génomiques. Il joue un rôle central dans la plasticité des génomes chez les mammifères et dans la diversité des génomes humains. Bien que généralement silencieux, les rétrotransposons sont exprimés (et mobiles) dans les cellules germinales, l'embryon précoce et les cellules souches embryonnaires, ce qui conduit parfois à l'apparition de nouvelles maladies génétiques par mutagenèse insertionnelle.

Ils sont également massivement ré-exprimés dans la vaste majorité des cancers humains. Cependant, l'importance et les conséquences de ce phénomène sur la santé humaine ont été peu explorées, principalement à cause de la difficulté à détecter de nouvelles insertions parmi les centaines de milliers déjà présentes dans notre génome, car héritées de nos parents, en particulier dans des échantillons cliniques.

Projet de Recherche


Projet de Recherche


Les questions auxquelles nous nous intéressons dans notre équipe sont les suivantes :


(i) Quelles sont les voies cellulaires qui contrôlent le nombre de copies des rétrotransposons ? Nous combinons des approches de génomique fonctionnelle et de protéomique afin d'identifier des régulateurs positifs ou négatifs de la rétrotransposition chez l'Homme.

(ii) Quels sont les mécanismes moléculaires de la réplication des rétrotransposons ? Nous développons des tests in vitro qui contiennent l'ensemble de la machinerie de rétrotransposition afin d'étudier étape par étape ce processus mutagène.

(iii) Comment les rétrotransposons participent-ils au remodelage du génome humain, dans des situations physiologiques ou pathologiques ? Dans ce but, nous développons des approches innovantes qui utilisent les technologies de séquençage massivement parallèle à très haut débit, associées à la bioinformatique, pour découvrir des événements récents de rétrotransposition dans des échantillons cliniques, en particulier des tumeurs.


Comprendre comment l'activité des rétrotransposons est contrôlée aura un impact sur notre connaissance des mécanismes qui conduisent à l'apparition de nouvelles maladies génétiques ou à la progression tumorale. Puisque les éléments génétiques mobiles deviennent des outils importants pour la mutagenèse insertionnelle ou les technologies de transfert de gènes chez les mammifères, nos travaux devraient aussi aider à améliorer l'utilisation des rétrotransposons en génomique fonctionnelle et en thérapie génique.


Articles de Presse


La revue "La Recherche" a publié en Juin 2015 un article intitulé "La jeune garde de la science" (La Recherche, n° 500, Juin 2015).

Parmi les jeunes scientifiques, un portrait est consacré à Gaël Cristofari, Chef d'équipe à l'IRCAN.




Equipe de Recherche


Equipe de Recherche



CRISTOFARI Gaël, CR1 INSERM, Team Leader

Tel : 04 93 37 70 87 - E-mail : This e-mail address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it


DESNUELLE Claude, PU-PH CE

E-mail : This e-mail address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it


SACCONI Sabrina, PU-PH2

E-mail : This e-mail address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it


DOUCET Aurélien, CR2 CNRS

Tel : 04 93 37 70 19 - E-mail : This e-mail address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it


CONTET Julian, CDD AI UNS

Tel : 04 93 37 70 19 - E-mail : This e-mail address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it


PHILIPPE Claude, IE1 CNRS

Tel : 04 93 37 70 19 - E-mail : This e-mail address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it


GALANTONU Ramona, PhD Student

Tel : 04 93 37 70 17 - E-mail : This e-mail address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it


SULTANA Tania, PhD Student Erasmus

Tel : 04 93 37 70 17 - E-mail : This e-mail address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it


DOUFOUNDOU Carlette, PhD Student

Tel : 04 93 37 70 19 - E-mail : This e-mail address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it


ROPERT Baptiste, Master 1 INSERM

Tel : 04 93 37 70 19 - E-mail : This e-mail address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it


Publications

Publications


2016


Goic B, Stapleford KA, Frangeul L, Doucet AJ, Gausson V, Blanc H, Schemmel-Jofre N, Cristofari G, Lambrechts L, Vignuzzi M, Saleh MC.

Virus-derived DNA drives mosquito vector tolerance to arboviral infection.

Nat Commun. 2016 Sep 1;7:12410.



C Philippe, DB Vargas-Landin, AJ Doucet, D Van Essen, J Vera-Otarola, M Kuciak, A Corbin, P Nigumann, G Cristofari

L'activation des instances de rétrotransposon L1 individuels est limitée à la cellule de type loci permissive dépendante.

eLife, Mars 2016; 10,7554 / eLife.13926



2015


Albrengues J, Bertero T, Grasset E, Bonan S, Maiel M, Bourget I, Philippe C, Herraiz Serrano C,

Benamar S, Croce O, Sanz-Moreno V, Meneguzzi G, Feral CC, Cristofari G, Gaggioli C.

Epigenetic switch drives the conversion of fibroblasts into proinvasive cancer-associated fibroblasts.

Nat Commun. 2015, Dec15;6:10204.


Marsaud A, Dadone B, Ambrosetti D, Baudoin C, Chamorey E, Rouleau E, Lefol C,

Roussel JF, Fabas T, Cristofari G, Carpentier X, Michiels JF, Amiel J, Pedeutour F.

Dismantling papillary renal cell carcinoma classification: The heterogeneity of genetic

profiles suggests several independent diseases.

Genes Chromosomes Cancer, 2015, Jun;54(6):369-82.


Mir AA, Philippe C, Cristofari G.

euL1db: the European database of L1HS retrotransposon insertions in humans.

Nucleic Acids Res., 2015 Jan;43:D43-7.


2014


Viollet S, Monot C, Cristofari G.

L1 retrotransposition : The snap-velcro model and its consequences.

Mob. Genet. Elements, 2014, Jan 1;4(1):e28907.


2013

Monot C*, Kuciak M*, Viollet S, Mir AA, Gabus C, Darlix JL, Cristofari G.

The specificity and flexibility of l1 reverse transcription priming at imperfect T-tracts.

PLoS Genet., 2013, May;9(5):e1003499.


Sauerwald A, Sandin S, Cristofari G, Scheres SH, Lingner J, Rhodes D.

Structure of active dimeric human telomerase.

Nat. Struct. Mol. Biol., 2013, Apr;20(4):454-60.


Goic B, Vodovar N, Mondotte JA, Monot C, Frangeul L, Blanc H, Gausson V,

Vera-Otarola J, Cristofari G, Saleh MC.

RNA-mediated interference and reverse transcription control the persistence of RNA viruses

in the insect model Drosophila.

Nat. Immunol., 2013, Apr;14(4):396-403.


2012

Ainouche A, Bétermier M, Chandler M, Cordaux R, Cristofari G, Deragon JM, Lesage P,

Panaud O, Quesneville H, Vaury C, Vieira C, Vitte C.

International Congress on Transposable Elements (ICTE) 2012 in Saint Malo and

the sea of TE stories.

Mob. DNA., 2012, Oct 30;3(1):17.


Vidale P, Magnani E, Nergadze SG, Santagostino M, Cristofari G, Smirnova A, Mondello C,

Giulotto E.

The catalytic and the RNA subunits of human telomerase are required to immortalize

equid primary fibroblasts.

Chromosoma., 2012, Oct;121(5):475-88.


Chaurasiya KR, Geertsema H, Cristofari G, Darlix JL, Williams MC.

A single zinc finger optimizes the DNA interactions of the nucleocapsid protein of the

yeast retrotransposon Ty3.

Nucleic Acids Res., 2012, Jan;40(2):751-60.


2010

Abreu E, Aritonovska E, Reichenbach P, Cristofari G, Culp B, Terns RM, Lingner J,

Terns MP.

TIN2-tethered TPP1 recruits human telomerase to telomeres in vivo.

Mol. Cell. Biol., 2010, Jun;30(12):2971-82.


2008

Kurth I, Cristofari G, Lingner J. (2008)
An affinity oligonucleotide displacement strategy to purify ribonucleoprotein complexes
applied to human telomerase.
Methods Mol Biol., 2008;488:9-22.

2007

De Cian A, Cristofari G, Reichenbach P, Delemos E, Monchaud D, Teulade-Fichou MP,
Shin-ya K, Lacroix L, Lingner J, & Mergny JL.
Re-evaluation of telomerase inhibition by quadruplex ligands and their mechanisms of action.
Proc. Natl Acad. Sci. USA., 2007;104(44):17347-17352.

Cristofari G, Reichenbach P, Regamey PO, Banfi D, Chambon M, Turcatti G, Lingner J.
Low- to high-throughput analysis of telomerase modulators with Telospot.
Nat. Methods, 2007;4(10):851-853.

Cristofari G, Adolf E, Reichenbach P, Sikora K, Terns RM, Terns MP, Lingner J.
Human telomerase RNA accumulation in Cajal bodies facilitates telomerase recruitment
to telomeres and telomere elongation.
Mol. Cell., 2007;27(6):882-889.

Cristofari G, Sikora K, Lingner J.

Telomerase unplugged.

ACS Chem Biol, 2007, Mar20;2(3):155-8.


2006

Cristofari G, Lingner J.
Telomere length homeostasis requires that telomerase levels are limiting.
EMBO J., 2006, 25(3):565-74.

2004

Cristofari G, Ivanyi-Nagy R, Gabus C, Boulant S, Lavergne JP, Penin F, Darlix JL.

The hepatitis C virus Core protein is a potent nucleic acid chaperone that directs

dimerization of the viral (+) strand RNA in vitro.

Nucleic Acids Res. 2004, May11;32(8):2623-31.


2003


Cristofari G, Lingner J.

Fingering the ends: how to make new telomeres.

Cell, 2003, May30;113(5):552-4.


2002


Cristofari G, Darlix JL.

The ubiquitous nature of RNA chaperone proteins.

Prog Nucleic Acid Res Mol Biol., 2002;72:223-68.


Cristofari G, Bampi C, Wilhelm M, Wilhelm FX, Darlix JL.

A 5'-3' long-range interaction in Ty1 RNA controls its reverse transcription

and retrotransposition.

EMBO J., 2002, Aug15;21(16):4368-79.


(Feb 2016)


 

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