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Plateforme de Génomique

Présentation

Présentation

La plateforme de génomique est un service commun de l'IRCAN, dédié à l’analyse des gènes et de leur expression à travers des techniques

à moyen ou haut-débit. Elle est ouverte à l’ensemble de la communauté scientifique du secteur académique ou privé.


Elle se situe au 5ème étage de la tour Pasteur.

Responsables

Responsables

Dr Gaël Cristofari
Chef d'équipe
Responsable scientifique de la Plateforme
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Dr Christian Baudoin
Ingénieur d'étude HC
Responsable technique de la Plateforme
Tel: +33 (0)4 93 37 77 59
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Nadine Fedou
Responsable Administrative
Gestion et Facturation
Tel: +33 (0)4 93 37 76 98
Email: This e-mail address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it

Comité de pilotage

Comité de Pilotage

Le comité de pilotage a pour but de :

  1. décider des orientations financières, techniques et stratégiques de la plateforme
  2. faire le lien entre les utilisateurs et les responsables de la plateforme

Il se réunit au moins deux fois par an.

Le comité de pilotage est actuellement composé de:

Christian BAUDOIN Responsable technique
Gaël CRISTOFARI Responsable scientifique
Nadine FEDOU Responsable administrative
Gianni LITI Représentant IRCAN
Dominic VAN ESSEN Représentant IRCAN
Georges VASSAUX Représentant TIRO
Laurent COUNILLON

Représentant LP2M

Jean-Claude CHAMBARD Représentant iBV

Equipements

Equipements

qPCR Quantification de biomolécules

StepOnePlus

2x Applied StepOne Plus (Life Technologies)
Bloc Fast 96 Puits

Nanodrop

NanoDrop 2000 (Thermo Scientific)
Spectrophotomètre UV-Vis microvolumétrique

7500

Applied 7500 (Life Technologies)
Bloc classique 96 Puits
Bioanalyzer Bioanalyzer 2100 (Agilent)
Electrophorèse capillaire et quantification (ARN, ADN ou protéines)

7900 HT

Applied 7900HT (Life Technologies)
Bloc Fast 96 Puits
Bloc TLDA

Qubit2

Qubit 2.0 (Life Technologies)
Fluoromètre, dosage spécifique de l'ADN, de l'ARN ou des protéines
Systèmes d'acquisition d'images Lecteurs de plaques

Licor

Odyssey Classic (LI-COR)
Scanner fluorescence infrarouge
(western-blots quantitatifs)

Centro

Centro XS LB960 (Berthold)
Luminescence

FLA9500

Typhoon FLA9000 (GE Healthcare - ex-Fuji)
PhosphorImager, Scanner Fluorescence

TriStar

TriStar LB 941 (Berthold)
Absorbance, Fluorescence, Luminescence, BRET and BRET², FRET
Chromatin-IP (ChIP) Séquençage à haut-débit

Bioruptor

Bioruptor Plus (Diagenode)
Sonicateur pour microvolumes (6 à 12 échantillons en parallèle)

OneTouch

Ion OneTouch System (Life Technologies)
PCR en émulsion et purification des billes (ISP) pour le séquençage Ion Torrent

IPStar

SX-8G IP-Star Compact (Diagenode)
Automate pour effectuer les expériences de chromatine-IP (ChIP)

PGM

Ion Torrent PGM (Life Technologies)
Séquenceur à haut-débit
Compatible avec les puces 314, 316 et 318

Pippin

Pippin prep (Sage Science)
Electrophorèse préparative des acides nucléiques avec sélection automatique de la taille (préparation des librairies de séquençage)
Dosages

Luminex

Luminex 100/200 (Luminex Corp.)
Dosage immunoenzymatique multiplexé en microvolumes jusqu’à 40 analytes (protéines, peptides, chimiokines,…) par puit.

Vitros

Vitros 350 (Ortho Clinical Diagnostics)
Dosage biochimiques, immunoenzymatiques et potentiométriques (métabolisme).

 

Réservation

Accès et Réservations

A l'exception du séquençage à haut-débit, l'accès aux équipements de la plateforme est libre après signature de la charte et réservation obligatoire. Les coûts d'utilisation sont refacturés aux équipes utilisatrices par l’IRCAN.

 

Pour réserver vos manips, merci de vous connecter à :


Pour le séquençage à haut-débit, qui est en phase de montée en puissance, les projets sont actuellement traités sur une base collaborative, en fonction du niveau d'implication de chacun dans les projets.

  1. Envoyer un bref descriptif (quelques lignes max) du type d’expériences souhaitées à:  This e-mail address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it
  2. Un échange entre l’équipe demandeuse et la plateforme est engagé pour définir: la faisabilité, les coûts, les niveaux d’implication de la plateforme et de l’équipe, les besoins en bioinformatique pour l’analyse des résultats.
  3. La préparation des librairies, les PCRs en émulsion et le séquençage sont effectués par Christian Baudoin.
  4. L'analyse bioinformatique éventuelle est réalisée par l’équipe de G. Cristofari ou par l'équipe demandeuse.

Tarifs qPCR

Tarifs qPCR

Tarifs (HT) pour l'utilisation des instruments de PCR quantitative

Les consommables (plastiques et kits doivent être commandés directement par les équipes).

Les tarifs ci-dessous concernent l'utilisation des appareils (participation aux contrats de maintenance notamment) et sont refacturés aux équipes.

IRCAN / Pasteur Autres équipes académiques Equipes non-académiques
qPCR Applied StepOne Plus 4.10 €/h 4.10 €/h 20.10 €/h
qPCR Applied 7500 4.10 €/h 4.10 €/h 20.10 €/h
qPCR Applied 7900HT 23 €/h 23 €/h 52 €/h

 

Temps de réservation recommandés

Protocole fast Protocole classique
qPCR Applied StepOne Plus 1h/run 2h/run
qPCR Applied 7500 N.A. 2h/run
qPCR Applied 7900HT 1h/run 2h/run

Tarifs Séquençage

Tarifs Séquençage

Tarifs du séquençage à haut-débit

Le séquençage à haut-débit sur la plateforme Ion Torrent (Life Technologies) se fait en 3 étapes :

  1. Préparation des librairies à partir de l'échantillon biologique
  2. PCR en émulsion (ePCR)
  3. Séquençage sur puce

Les étapes 2 et 3 sont réalisées par Christian Baudoin sauf cas exceptionnels en accord avec les responsables de la Plateforme. La préparation des librairies peut être effectuée par les équipes utilisatrices ou par la Plateforme après définition du protocole.

Certains consommables, notamment pour l'étape 1, peuvent devoir être achetés par les équipes. Les consommables (kits et plastiques) des étapes 2 et 3, et pour les contrôles-qualité des différentes étapes, sont achetés par la plateforme et refacturés aux équipes par l'IRCAN au prorata de leur utilisation.

Exemples de tarifs (coûts complets pour une équipe IRCAN) :

  1. Reséquençage somatique de 50 oncogènes et gènes suppresseurs de tumeurs (Ampliseq Cancer Panel v2) à partir d'ADN génomique tumoral (tissus congelés ou fixés): 371 € HT/échantillon (tarif pour 4 échantillons min.).
  2. Reséquençage somatique de 400 oncogènes et gènes suppresseurs de tumeurs (Ampliseq Comprehensive Cancer Panel kit): 1685 € HT/échantillon.

Charte

Charte

L'accès à la Plateforme de Génomique est conditionné à la signature de la Charte.

Elle peut être téléchargée ici et doit être rendue signée à Christian Baudoin.

Accès aux appareils

L’utilisation est en accès libre, avec ou sans réservation, à tout le personnel de l’IRCAN. L’utilisation par des personnels n’appartenant pas à l’institut est possible dans la limite de la disponibilité des appareils et des personnels.

Réservation

Les réservations pour certains appareils décrits ci-dessous sont obligatoires et se feront uniquement sur le site internet de l’IRCAN. Un nom de groupe et un mot de passe confidentiels, seront communiqués à chaque référent de chaque groupe. Le mot de passe donne accès à l’espace dédié à la réservation des appareils et au suivi du compte utilisateur.

Appareils soumis à réservation OBLIGATOIRE par internet :

- qPCR 7900 HT
- qPCR 7500
- qPCR StepOne Plus 1
- qPCR StepOne Plus 2

Appareils non-soumis à réservation:

- Luminomètre CentroXS
- Lecteur de plaque Tristar
- Bioanalyseur 2100 Agilent
- Pippin prep
- IP-Star
- Bioruptor UCD-300
- Typhoon FLA9000
- Odyssey Licor
- Nanodrop 2000

Responsabilités et engagements

  1. Les utilisateurs s’engagent à respecter le protocole d’utilisation et d’entretien des appareils.
  2. Seuls les consommables Applied Biosystems sont autorisés sur les appareils de qPCRs. Pour tout autre consommable contacter le responsable.
  3. Il est interdit de télécharger des logiciels sur les ordinateurs.
  4. Durées recommandées de réservation pour les qPCRs: 1 heure pour la 7900HT et les StepOnePlus, 2 heures pour la 7500. Au-delà de ces durées recommandées il vous sera facturé 2 passages de plaque au lieu d’un seul passage.
  5. Lors de l’expérience les utilisateurs doivent sauver leurs données sur le dossier « Experiments » du disque dur de l’ordinateur, cette sauvegarde doit durer le temps de les récupérer sur internet (2 jours maximum).
  6. Les utilisateurs doivent supprimer des disques durs leurs données expérimentales du dossier « Experiments ». Les données qui persistent seront systématiquement éliminées sans préavis lors des maintenances régulières des ordinateurs afin de ne pas surcharger l’espace libre des disques durs.
  7. La salle et les appareils doivent rester propres après chaque utilisation.
  8. Tout effet personnel et matériel non appartenant à la plateforme doit être enlevée après utilisation. Tout matériel non identifié sera jeté.
  9. Les appareils ne doivent pas servir à un usage différent de celui défini par les responsables et le comité de pilotage.
  10. Toute utilisation non conforme entrainant une panne/casse entrainera la prise en charge de la réparation par le chef d’équipe du responsable.
  11. Toute panne ou incident technique doit être signalé par email au responsable technique This e-mail address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it dans les plus brefs délais. Toute panne non signalée sera sous la responsabilité du dernier utilisateur.

Remerciements et publications

La plateforme doit OBLIGATOIREMENT être citée dans les remerciements des publications avec la phrase suivante: "We thank the IRCAN Genomics Core Facility for providing access to [qPCR for example]". Une copie des articles sera envoyée au responsable de la plateforme après publication. Si le degré d’implication dans les travaux le justifie (en particulier pour le séquençage à haut-débit), le personnel de la plateforme doit être inclus comme co-auteurs dans les publications. La propriété intellectuelle des inventeurs sera protégée en accord avec les règles générales en vigueur à l’INSERM.

Adresse

Adresse

IRCAN - Plateforme de Génomique
Faculté de Médecine - 5ème étage
28 Av de Valombrose
06107 NICE Cedex 02
FRANCE


Tel : +33 (0)4 93 37 77 59